Impuls a la recerca biomèdica amb eines estadístiques: des de l'anàlisi de la COVID-19 fins a la gestió de dades amb REDCapDM
La Unitat de Bioestadística, recent incorporació a les tecnologies i serveis que ofereix l'Institut de Recerca Germans Trias i Pujol (IGTP), formada per un equip d'estadístics i matemàtics que realitza i dona suport a la recerca biomèdica, ha publicat recentment dos articles destacats. El primer treball, publicat a Scientific Reports, revela el rol de les desigualtats socioeconòmiques i de la vacunació en la propagació de la pandèmia. El segon, a BMC Medical Research Methodology, introdueix REDCapDM, un nou paquet de R dissenyat per millorar l'eficiència i fiabilitat en la gestió de dades de recerca recollides a través de la popular plataforma REDCap.
Impacte de la COVID-19 a Catalunya: la desigualtat socioeconòmica i la vacunació
Un nou estudi científic, publicat a Scientific Reports per els investigadors Pau Satorra i Cristian Tebé, aporta llum sobre l'evolució i conseqüències de la pandèmia de COVID-19 a Catalunya. Utilitzant models bayesians espai-temporals, l'anàlisi revela com la incidència del virus i les hospitalitzacions van variar entre les diferents àrees bàsiques de salut (ABS) al llarg del temps i destaca factors clau que haurien influït aquestes tendències.
Els resultats indiquen que les zones urbanes van experimentar una major incidència de casos i hospitalitzacions en comparació amb les àrees rurals, suggerint una associació amb la densitat de població i les condicions de vida en aquestes àrees. Això posa de manifest la necessitat d'estratègies de salut pública específiques per a entorns urbans densament poblats.
L'estudi també assenyala l'impacte de la desigualtat socioeconòmica en els efectes de la pandèmia. Les ABS amb majors nivells de privació socioeconòmica han patit taxes més altes d'hospitalització, posant de manifest, quelcom ja conegut, com que les condicions socioeconòmiques poden exacerbar els efectes d'una crisi sanitària global.
Una de les troballes més destacades és l'efecte protector a nivell d'ABS de la vacunació completa contra el virus, demostrant la importància vital de les campanyes de vacunació en la lluita contra la pandèmia. La cobertura vacunal completa ha mostrat reduir significativament el risc de casos i d'hospitalitzacions, reafirmant el missatge de salut pública sobre la vacunació com a eina clau per controlar la propagació i impacte del virus.
Per a la realització d'aquesta recerca, s'han utilitzat dades obertes proporcionades pel Govern de Catalunya, subratllant la importància de l'accés a informació fiable i transparent per a l'avanç de la recerca epidemiològica. Els descobriments d'aquest estudi no només contribueixen a una millor comprensió de la dinàmica de la COVID-19 a nivell local, sinó que també destaquen la importància crítica de la intervenció vacunal i l'atenció a les desigualtats socioeconòmiques com a components clau en la resposta efectiva a la pandèmia.
"Es va trobar que la modelització jeràrquica bayesiana era molt útil per descriure les tendències espacials, temporals i espai-temporals de l'epidèmia de COVID-19 a Catalunya" comenta Pau Satorra, primer autor de l'article. "Hem demostrat que les àrees bàsiques de salut urbanes tenien un risc més elevat de casos de COVID-19 i hospitalitzacions en comparació amb les àrees rurals, mentre que la privació socioeconòmica de l'àrea era un factor de risc per a les hospitalitzacions. A més, es va demostrar que la cobertura completa de vacunació de l'àrea bàsica de salut també tenia un efecte protector sobre el risc de casos de COVID i d' hospitalitzacions per àrea".
REDCapDM: un paquet R per a la gestió de dades en projectes REDCap
En aquest segon article, liderat per João Carmezim i Pau Satorra, la unitat de bioestadística de l'IGTP ha desenvolupat REDCapDM, un nou paquet d'R destinat a facilitar la gestió de dades per a projectes REDCap, una aplicació web per a la creació i gestió de bases de dades i d'enquestes en línia. REDCap és àmpliament utilitzat en la recerca clínica per la seva flexibilitat i característiques de seguretat. No obstant això, la gestió de dades REDCap a través de R pot ser complexa, requerint sovint d'un treball de programació per maximitzar-ne l'eficiència. El paquet REDCapDM neix com a resposta a aquesta necessitat, proporcionant funcions específiques per a la importació, la transformació, la identificació de discrepàncies i la gestió de dades.
Amb la utilització de REDCapDM, els investigadors poden optimitzar el procés de gestió de dades clíniques, garantint alhora la qualitat i la fiabilitat de la informació analitzada. Aquesta eina és d'especial interès per a científics de dades i gestors de dades clíniques que treballen amb REDCap i R, oferint una solució integral per a les tasques de gestió de dades de recerca.
La implementació de REDCapDM en R, versió 4.3.0, i la seva disponibilitat a través del Comprehensive R Archive Network (CRAN), obre noves portes per a la gestió eficient de dades en estudis clínics. Aquest paquet no només simplifica la importació i el processament de dades des de REDCap a R, sinó que també millora el procés de validació de dades, essencial per a la generació de dades de qualitat en la recerca.
El desenvolupament de REDCapDM és un pas endavant en l'automatització i la millora de la gestió de dades en la recerca clínica, proporcionant als investigadors eines robustes per a l'anàlisi i la validació de dades. Amb el suport continuat de la comunitat R i la integració amb altres paquets i eines, REDCapDM està destinat a convertir-se en un recurs valuós per a la comunitat de recerca clínica global.
La implementació de REDCapDM en R versió 4.3.0, i la seva disponibilitat a través del Comprehensive R Archive Network (CRAN) i Github garanteix l'accés obert a la utilització d'aquesta eina així com la transparència, aspectes essencials per al progrés de la recerca científica. Aquest projecte, disponible per a tots els sistemes operatius i sota la llicència GNU General Public License Versió 2, demostra l'impacte positiu de la col·laboració oberta i l'ús de tecnologies de codi obert en l'avanç de la recerca mèdica.
Paquet R, què és?
Un paquet R és una col·lecció de funcions, dades i documentació que s'ha desenvolupat per ampliar les funcionalitats del programari estadístic R. Els paquets permeten als usuaris afegir noves tècniques d'anàlisi, mètodes estadístics, gràfics, importació i exportació de dades, entre d'altres funcionalitats, al seu entorn de treball en R. Aquests paquets són creats per la comunitat d'usuaris i investigadors de R amb l'objectiu de compartir solucions i facilitar el treball en projectes específics o en àrees de recerca determinades.
Referències
Satorra P, Tebé C. Bayesian spatio-temporal analysis of the COVID-19 pandemic in Catalonia. Sci Rep. 2024 Feb 20;14(1):4220. DOI: 10.1038/s41598-024-53527-w.
Carmezim J, Satorra P, Peñafiel J, García-Lerma E, Pallarès N, Santos N, Tebé C. REDCapDM: An R package with a set of data management tools for a REDCap project. BMC Med Res Methodol. 2024 Mar 1;24(1):55. DOI: 10.1186/s12874-024-02178-6.