Genòmica d’Alt Contingut i Bioinformàtica
La unitat té estacions de treball dedicades a l'anàlisi de dades i fa ús dels recursos de computació d'altes prestacions allotjades al centre de processament de dades de l'IGTP. A part de disposar d'infrastructura de laboratori per a poder fer control de qualitat i preparació de mostres per a assaigs d'anàlisi genòmica d'alt contingut, la unitat està coordinada amb altres grans unitats de serveis cientificotècnics de genòmica com el CRG-CNAG.
Documents
Entrega de mostres i control de qualitat (ENG)
Petició control de qualitat (ENG)
Micro-array hybridization request (ENG)
Sol·licitud de seqüenciació massiva (ENG)
Sol·licitud d'anàlisi bioinformàtica (ENG)
Manipulació robòtica de líquids
Robot de manipulació de líquids Sciclone NGS (PerkinElmer)
Robot que disposa de capçal de 96 puntes d'un sol ús i agafador de plaques. Preprogramat amb protocols per a execució automàtica d'aplicacions de biologia molecular, especialment per a seqüenciació de nova generació (NGS). Permet manejar fins a 96 mostres simultàniament. Emprat per a preparació i quantificació de genoteques NGS, i per a disposició de reaccions de qPCR en placa de 384 micropouets.
Robot de manipulació de líquids Evo-150 (Tecan)
El robot està equipat amb 8 puntes fixes i preparat per a processat automàtic de mostres per a assaigs Infinium d'Illumina. Permet manejar fins a 384 mostres en paral·lel.
Quantificació d'àcids nucleics
Qubit (Thermofisher)
Fluorímetre de tub individual. Emprat per a quantificació precisa d'àcids nucleics a partir de 1-20 µl de mostra. Discrimina entre ADN de cadena senzilla i doble, i ARN.
Computació per a anàlisi bioinformàtica de dades
Estacions de treball HP xw8600, xw4600, Z600, Z440 (Hewlet Packard)
Estacions de treball d'informàtica d'altes prestacions amb sistema operatiu Linux. Emprades per a càlcul local o mitjançant accés remot a sistemes de nodes de càlcul i emmagatzematge centralitzats al centre de processament de dades computacionals de l'IGTP (HPC) per a l'anàlisi bioinformàtica de dades genòmiques generades per arrays o NGS.
Dell Precision T7500 (Dell)
Servidor informàtic d'alt rendiment amb sistema operatiu Linux per a suportar dades de seqüenciació de nova generació i altres anàlisis de dades amb ús intensiu de memòria.
Anàlisi i selecció per mida automatitzada d’àcids nucleics
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Sistema de nanoelectroforesi automatitzada per xips microfluidic 'lab-on-a-chip'. Emprat per a anàlisi d'integritat i determinació de mida d'ADN i ARN. Permet la separació i determinació de perfils de mida d'11-12 mostres per ús.
Pippin Prep (SAGE)
Sistema d'electroforesi i elució automatitzada. Emprat per a selecció per mida de genoteques d'ADN en aplicacions d'NGS. Permet la separació de fins a 4 pools de genoteques per ús i l'elució de fraccions de mides predeterminades amb condicions independents per a cada pool.