Presentació
El grup GCATlGenomes For Life (GCAT lab) és un equip de recerca biomèdica que lidera l'estudi longitudinal i de cohort poblacional dels gens de Catalunya: Genomes for Life. Cohort Study of the Genomes of Catalonia. Es tracta d'un projecte de referència en l'àmbit de la genòmica i l'epidemiologia molecular, impulsat amb la voluntat de transformar el coneixement científic en un recurs útil per a la salut pública i la medicina personalitzada.
Iniciat fa més de deu anys, el projecte té com a objectiu avançar en la predicció, prevenció i tractament personalitzat de malalties complexes i cròniques com la diabetis, les patologies cardiovasculars, respiratòries o el càncer. Amb una cohort de 20.000 voluntaris de tot el territori català, el GCAT lab ha construït un recurs científic de gran valor, que integra dades genètiques, clíniques, ambientals i d'estil de vida.
Mitjançant el vincle amb els registres sanitaris públics a través del programa PADRIS, el projecte ofereix un seguiment en temps real dels participants, i una perspectiva única de la transició de la salut a la malaltia. Aquesta aproximació permet estudiar com la interacció entre el genoma, l'exposoma i altres determinants condiciona el risc de malaltia i la resposta als tractaments.
El GCAT lab exerceix un paper transversal i dinamitzador de la recerca en epidemiologia molecular poblacional, contribuint de forma destacada al desenvolupament de la ciència oberta, la innovació biomèdica i les polítiques de salut basades en l'evidència. El seu model transdisciplinari i col·laboratiu ha afavorit la consolidació d'aliances amb centres d'excel·lència tant nacionals com internacionals, i la seva participació activa en consorcis globals de recerca.
Amb una clara voluntat de servei a la comunitat científica, un dels pilars estratègics del GCAT lab és posar a disposició dades FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) i coneixement que pugui ser transferit a la pràctica clínica i a la societat. Els tres grans eixos del projecte -la generació de dades, la seva disponibilitat i l'aplicació translacional del coneixement- posicionen el GCAT com una infraestructura científica clau dins del sistema de recerca i innovació en salut.
Paraules clau: genoma, multiòmica, exposoma, cohort, salut digital, malalties no transmissibles, epidemiologia molecular, dades FAIR, col·laboració internacional, ciència oberta
_1748948935.JPG)
Líder/s de grup
- Rafael de Cid
Rafael de Cid
El Dr. Rafael de Cid és biòleg i doctor en genètica, amb una sòlida trajectòria en genòmica, epidemiologia molecular i recerca multi-òmica aplicada a la salut pública. Va iniciar la seva carrera en centres de referència com el Centre de Regulació Genòmica (CRG), el Centre Nacional de Genotipatge (CNG, París) i Genethon (París), on va contribuir als primers projectes europeus de genòmica funcional. Des de llavors, ha combinat l'estudi dels determinants biològics de la salut amb un enfocament poblacional i translacional, centrant-se en les malalties complexes.
Des de 2012, el Dr. de Cid ha impulsat la cohort GCAT (Genomes for Life), inicialment des de l'Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer (IMPPC) i, posteriorment, des de l'IGTP. Aquesta ha esdevingut una de les infraestructures més importants de la recerca genòmica a Espanya. Amb més de 20.000 participants, GCAT es centra en l'estudi del risc genètic, l'impacte ambiental i la medicina de precisió. La combinació de dades clíniques, òmiques i ambientals ha permès avanços significatius en la comprensió de malalties cardiovasculars, diabetis, salut mental i, més recentment, COVID-19, a través de la subcohort COVICAT.
El Dr. de Cid ha estat un dels líders en projectes internacionals com EXPANSE, ENDVOC, ORCHESTRA, i altres iniciatives que han desenvolupat aproximacions innovadores per a l'anàlisi de variants genètiques i la creació de models de risc personalitzats. Ha promogut l'ús de plataformes com PheWeb-GCAT i PolyGenie per integrar dades genètiques i clíniques en temps real per a la presa de decisions en salut. Aquests avenços s'han centrat en la integració de l'exposoma i la genètica per millorar la predicció i la prevenció de malalties cròniques i infeccioses.
Amb un fort compromís amb la ciència oberta i la col·laboració internacional, el Dr. de Cid ha integrat GCAT en xarxes globals com ELIXIR-Spain, EHEN i EATRIS, i ha impulsat iniciatives com el projecte DATOS-CAT per afavorir la compartició de dades privades de manera segura. El seu treball ha estat fonamental en l'avanç de la medicina personalitzada, incorporant la perspectiva de gènere i el context social en l'anàlisi de malalties i en la formulació de polítiques de salut més inclusives i equitatives. Amb una visió de futur, el Dr. de Cid continua sent un referent en la integració de dades per transformar la recerca en solucions clíniques concretes.
Contacte: rdecid(ELIMINAR)@igtp.cat
ORCID: 0000-0003-3579-6777
Equip
Gestora de laboratori investigadora postdoctoral
Susana Iraola-Guzmán, PhD(ELIMINAR)
Analista de dades investigador postdoctoral
Xavier Farré Ramón, PhD(ELIMINAR)
Analista de dades estudiant de doctorat
Natàlia Blay(ELIMINAR)
Estudiants de màster
Clara Gabaldon
Leticia Evaristo
Estudiant de grau en Enginyeria biomèdica
Mireia Gasco Agorreta(ELIMINAR)
Col·laboradors científics
Víctor Moreno (col·laborador GCAT-ICO-IDIBELL)
David Torrents (col·laborador GCAT-BSC). Life Sciences - Genòmica Computacional, Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS), Programa conjunt de recerca en biologia computacional BSC-CRG-IRB, Barcelona
Manolis Kogevinas (col·laborador GCAT-ISGLOBAL). Institut de Salut Global de Barcelona (ISGlobal Barcelona), Barcelona
Lauro Sumoy (col·laborador GCAT-IGTP). Unitat de Genòmica de Contingut Alt i Bioinformàtica, Programa de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer (PMPPC), Institut d'Investigació Germans Trias i Pujol (IGTP), Badalona
Ignacio Blanco (col·laborador GCAT-HUGTiP). Programa d'Avaluació i Genètica Clínica, HUGTiP, Badalona
Línies de recerca
Epidemiologia molecular de la multimorbiditat
Estudien l'evolució i la interacció de diverses malalties cròniques -com la diabetis, la insuficiència cardíaca, l'ictus o els trastorns de salut mental- al llarg del temps, mitjançant el seguiment de les històries clíniques i dades multiòmiques (genòmica, epigenètica, proteòmica, metabolòmica, etc.).
Està demostrat que les malalties cròniques no es manifesten igual quan apareixen soles que quan es combinen amb altres, un fenomen conegut com a multimorbiditat. Aquesta situació s'associa a més gravetat clínica, major ús dels serveis sanitaris i una qualitat de vida més baixa. L'objectiu és entendre aquestes trajectòries complexes per millorar la predicció, la prevenció i una atenció sanitària més personalitzada.
Epidemiologia molecular de la COVID-19
Analitzen els factors genètics, ambientals i socials que influeixen en la susceptibilitat, la gravetat i les conseqüències a llarg termini de la COVID-19, amb un enfoc d'epidemiologia molecular i integració de dades.
La subcohort GCAT_COVICAT, desenvolupada amb l'Institut de Salut Global de Barcelona (ISGlobal), és una eina clau per estudiar l'impacte de la pandèmia. Permet avaluar especialment els efectes en la salut mental i l'àmbit laboral, àrees fonamentals per entendre les seqüeles globals de la crisi sanitària.
Epidemiologia molecular de la salut ambiental
Avaluen com les exposicions ambientals i socials al llarg de la vida -com la contaminació, la dieta o l'estatus socioeconòmic- influeixen en la salut i el risc de malalties, especialment en condicions cardiovasculars, metabòliques i respiratòries.
Mitjançant aproximacions integrades basades en el concepte d'exposoma, mesuren i quantifiquen l'impacte de factors com la contaminació atmosfèrica, l'accés a espais verds, la urbanització, el soroll o la contaminació lumínica. Participen en grans cohorts internacionals, com els projectes EXPANSE i IHEN, per integrar aquest coneixement en la medicina personalitzada i orientar accions efectives en salut pública.
Ecosistemes digitals per a la recerca en salut
Impulsen la creació d'un espai digital de salut que permeti integrar i analitzar de forma segura dades clíniques, genòmiques i ambientals. Desenvolupen eines per a l'anàlisi, la visualització i l'ús secundari de dades en recerca i medicina personalitzada, aprofitant els recursos disponibles en l'espai europeu de dades de salut. Aquestes eines inclouen plataformes de cerca en xarxa com BEACON, diccionaris en línia i còdecs estandarditzats com MICA, i plataformes d'anàlisi federades com DATASHIELD. A més, utilitzen eines d'anàlisi com GCAT Pheweb i PolyGenie, que permeten explotar de manera integrada l'impacte de les dades a gran escala.
Projectes actius
END-VOC. ENDing COVID 19 Variants of Concern through cohort studies
PI: Rafael de Cid (IGTP) (partnership)
Funding agency: European Union Views
Agency code: PI/101046314
Start date: 2022
End date: 2025
Endvoc - Keeping tabs on SARS-CoV-2
Funded by the European Union Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union of European Health and Digital Executive Agency. Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them.
Collaborative Cohorts Reassembled Data To Study Mechanisms And Longterm Incidence Of Chronic Diseases
PI: Jaume Marrugat (IMIM)
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Start date: 2023
End date: 2028
More information
CUPID "Crono-nutrición y enfermedades cardiometabólicas: una perspectiva epigenética"
PI: Camille Lassale (ISGlobal)
CoPI: Rafael de Cid (IGTP)
Agency: La Marató TV3
Start date: March 2024
End date: February 2027
GEPETO. Genome Profiling in the GCAT, an Electronic-Health-Record population-based cohort study to improve prevention, diagnosis and treatment of common diseases by using PRSs
PI Rafael de Cid (IGTP)
Funding agency: MCYT
Agency code TED2021-130626B-I00
Start date: 2023
End date: 2025
DATOS-CAT. Implementación y análisis de bases de datos en medicina de precisión
PI: Rafael de Cid (IGTP) (partnership)
Funding agency: Planes Complementarios, Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: DATOS-CAT
Start date: 2023
End date: 2025
Past projects
IMPaCTT2D. ImpactT2D: una estrategia genómica para implementar medicina de precisión en la diabetes tipo 2
PI: Jorge Ferrer (CRG)
Funding agency: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: PMP21/00067
Start date: 2021
End date: 2024
COVICAT - CONTENT. Cohorte de COVID-19 en España: dinámica social, salud mental y desigualdades
PI: Manolis Kogevinas (ISGlobal), Rafael de Cid (IGTP)
Funding agency: "la Caixa" Social Research grant
Agency code: SR20-01024
Start date: 2020
End date: 2023
IA4T2d. Desarrollo e implementación de modelos integrados de inteligencia artificial para la predicción del riesgo de la Diabetes de Tipo 2
PI: Rafael de Cid (IGTP), David Torrents (BSC)
Funding agency: Planes Complementarios, Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)
Agency code: B7251
Start date: 2023
End date: 2024
CaIMCO. Biomarcadors proteòmics cardiometabòlics i immunitaris de la Covid-19 per a l'avaluació clínica de la infecció, la gravetat de la malaltia i les complicacions postpandèmiques de salut
PI: Rafael de Cid (IGTP)
Funding agency: La Marató TV3
Agency code: 167/C/2021
Start date: 2022
End date: 2024
GeoINF+ project. Genetic study of the impact of gEographic environmental exposure on INFlamatory markers in the adult population
PI: Rafael de Cid (IGTP)
Funding agency: MCYT, ISCIII
Agency code: PI18/01512
Start date: 2019
End date: 2023
GeoInf+: Exposome Study. GCAT Health and Environment
Publicacions científiques
Publicacions destacades
Carreras-Torres R, Galván-Femenía I, Farré X, Cortés B, Díez-Obrero V, Carreras A, Moratalla-Navarro F, Iraola-Guzmán S, Blay N, Obón-Santacana M, Moreno V, de Cid R. Multiomic integration analysis identifies atherogenic metabolites mediating between novel immune genes and cardiovascular risk. Genome Med. 2024 Oct 24;16(1):122. DOI: 10.1186/s13073-024-01397-2.
COMPASS Consortium; INVENT Consortium; Dutch Parelsnoer Initiative (PSI) Cerebrovascular Disease Study Group; Estonian Biobank; PRECISE4Q Consortium. Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries. Nature. 2022 Nov;611(7934):115-123. DOI: 10.1038/s41586-022-05165-3.
Obón-Santacana M, Vilardell M, Carreras A, Duran X, Velasco J, Galván-Femenía I, Alonso T, Puig L, Sumoy L, Duell EJ, Perucho M, Moreno V, de Cid R. GCATlGenomes for life: a prospective cohort study of the genomes of Catalonia. BMJ Open. 2018 Mar 27;8(3):e018324. DOI: 10.1136/bmjopen-2017-018324.
Severe Covid-19 GWAS Group. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N Engl J Med. 2020 Oct 15;383(16):1522-1534. DOI: 10.1056/NEJMoa2020283.
Valls-Margarit J, Galván-Femenía I, Matías-Sánchez D, Blay N, Puiggròs M, Carreras A, Salvoro C, Cortés B, Amela R, Farre X, Lerga-Jaso J, Puig M, Sánchez-Herrero JF, Moreno V, Perucho M, Sumoy L, Armengol L, Delaneau O, Cáceres M, de Cid R, Torrents D. GCATlPanel, a comprehensive structural variant haplotype map of the Iberian population from high-coverage whole-genome sequencing. Nucleic Acids Res. 2022 Mar 21;50(5):2464-2479. DOI: 10.1093/nar/gkac076.
Totes les publicacions
Blay N, Carrasco-Ribelles LA, Farré X, Iraola-Guzmán S, Danés-Castells M, Violán C, de Cid R. Weighting health-related estimates in the GCAT cohort and the general population of Catalonia. Sci Rep. 2025 May 16;15(1):16984. DOI: 10.1038/s41598-025-01284-9.
Hernáez Á, Camps-Vilaró A, Polo-Alonso S, Subirana I, Ramos R, de Cid R, Rodríguez-Artalejo F, Elosua R, Chirlaque MD, Amiano P, Bermúdez-López M, Guevara M, Cinza-Sanjurjo S, Sánchez MJ, de León AC, Laclaustra M, Rojo-Martínez G, Guembe-Suescun MJ, Pérez-Gómez B, Vega-Alonso T, Torán-Monserrat P, Lora-Pablos D, Huerta JM, Valdivielso JM, Dégano IR, Félix-Redondo FJ, Gandarillas AM, Valdés S, Mundet-Tuduri X, Sánchez PL, Martín-Sánchez V, Rigo F, Alonso-Sampedro M, Moreno-Iribas C, Martín-Escudero JC, Delgado E, Grau M, Urrutia I, Ovejero D, Quintela I, Martí-Lluch R, Blay N, Banegas JR, Tizón-Marcos H, Gómez JH, Aizpurua A, Castro-Boqué E, Delfrade J, Prieto-Díaz MÁ, Rodríguez-Barranco M, Almeida-González D, Moreno-Franco B, Oualla-Bachiri W, Sayón-Orea C, Plans-Beriso E, Lozano JE, López-Lifante VM, Cancelas-Navia P, Cabrera-Castro N, Cambray S, Zacarías-Pons L, Fernández-Bergés D, Donoso-Navarro E, Maldonado-Araque C, Franch-Nadal J, Dorado-Díaz PI, Villarín-Castro A, Frontera-Juan G, Gude F, Andueza N, Téllez-Plaza M, Ares-Blanco J, Cruz R, Ribas-Aulinas M, Barretina J, Guallar-Castillón P, Caínzos-Achirica M, Colorado-Yohar SM, Llorente A, Diaz-Tocados JM, Ardanaz E, Micó-Pérez RM, Fernandez-Martinez NF, Del Cristo Rodríguez-Pérez M, Cenarro A, Calle-Pascual AL, Marrugat J. Cohort profile: the CORDELIA study (Collaborative cOhorts Reassembled Data to study mEchanisms and Longterm Incidence of chronic diseAses). Eur J Epidemiol. 2025 May 12. DOI: 10.1007/s10654-025-01229-6.
Garcia-Calleja J, Biagini SA, de Cid R, Calafell F, Bosch E. Inferring past demography and genetic adaptation in Spain using the GCAT cohort. Sci Rep. 2025 Apr 24;15(1):14225. DOI: 10.1038/s41598-025-98272-w.
Guimbaud JB, Calabre E, de Cid R, Lassale C, Kogevinas M, Maître L, Cazabet R. An informed machine learning based environmental risk score for hypertension in European adults. Artif Intell Med. 2025 Apr 22;165:103139. DOI: 10.1016/j.artmed.2025.103139. Ahead of print.
Kogevinas M, Karachaliou M, Espinosa A, Iraola-Guzmán S, Castaño-Vinyals G, Delgado-Ortiz L, Farré X, Blay N, Pearce N, Bosch de Basea M, Nogués EA, Dobaño C, Moncunill G, de Cid R, Garcia-Aymerich J. Risk, determinants, and persistence of long-COVID in a population-based cohort study in Catalonia. BMC Med. 2025 Mar 14;23(1):140. DOI: 10.1186/s12916-025-03974-7.
Karachaliou M, Espinosa A, Farré X, Blay N, Castaño-Vinyals G, Iraola-Guzmán S, Rubio R, Vidal M, Jiménez A, Bañuls M, Aguilar R, Garcia-Aymerich J, Dobaño C, Kogevinas M, Moncunill G, de Cid R. Mental illness and antibody responses after COVID-19 vaccination in a prospective population-based study in Catalonia. Vaccine. 2025 Jan. Volume 45. DOI: doi.org/10.1016/j.vaccine.2024.126591.
Williams MO, Buekers J, Castaño-Vinyals G, de Cid R, Delgado-Ortiz L, Espinosa A, Garcia-Aymerich J, Koch S, Kogevinas M, Viola M, Whitmarsh L, Chevance G. Climate anxiety and its association with health behaviours and generalized anxiety: An intensive longitudinal study. Br J Health Psychol. 2024 Nov;29(4):1080-1095. DOI: 10.1111/bjhp.12746.
Cárcel-Márquez J, Muiño E, Gallego-Fabrega C, Cullell N, Lledós M, Llucià-Carol L, Martín-Campos JM, Sobrino T, Campos F, Castillo J, Freijo M, Arenillas JF, Obach V, Álvarez-Sabín J, Molina CA, Ribó M, Jiménez-Conde J, Roquer J, Muñoz-Narbona L, Lopez-Cancio E, Millán M, Diaz-Navarro R, Vives-Bauza C, Serrano-Heras G, Segura T, Ibañez L, Heitsch L, Delgado P, Dhar R, Krupinski J, Prats-Sánchez L, Camps-Renom P, Guasch M, Ezcurra G, Blay N, Sumoy L, de Cid R, Montaner J, Cruchaga C, Lee JM, Martí-Fàbregas J, Férnandez-Cadenas I. Sex-Stratified Genome-Wide Association Study in the Spanish Population Identifies a Novel Locus for Lacunar Stroke. Stroke. 2024 Oct;55(10):2462-2471. DOI: 10.1161/STROKEAHA.124.047833.
Benito GV, Goldberg X, Brachowicz N, Castaño-Vinyals G, Blay N, Espinosa A, Davidhi F, Torres D, Kogevinas M, de Cid R, Petrone P. Machine learning for anxiety and depression profiling and risk assessment in the aftermath of an emergency. Artif Intell Med. 2024 Sep 29;157:102991. DOI: 10.1016/j.artmed.2024.102991.
Saucy A, Coloma F, Olmos S, Åström C, Blay N, Boer JMA, Dadvand P, de Bont J, de Cid R, de Hoogh K, Dimakopoulou K, Gehring U, Huss A, Ibi D, Katsouyanni K, Koppelman G, Ljungman P, Melén E, Nieuwenhuijsen M, Nobile F, Peters A, Pickford R, Vermeulen R, Vienneau D, Vlaanderen J, Wolf K, Yu Z, Samoli E, Stafoggia M, Tonne C; EXPANSE Project Team. Socioeconomic Inequalities in the External Exposome in European Cohorts: The EXPANSE Project. Environ Sci Technol. 2024 Sep 17;58(37):16248-16257. DOI: 10.1021/acs.est.4c01509.
Pons-Muzzo L, de Cid R, Obón-Santacana M, Straif K, Papantoniou K, Santonja I, Kogevinas M, Palomar-Cros A, Lassale C. Sex-specific chrono-nutritional patterns and association with body weight in a general population in Spain (GCAT study). Int J Behav Nutr Phys Act. 2024 Sep 12;21(1):102. DOI: 10.1186/s12966-024-01639-x.
Karachaliou M, Ranzani O, Espinosa A, Iraola-Guzmán S, Castaño-Vinyals G, Vidal M, Jiménez A, Bañuls M, Nogués EA, Aguilar R, Garcia-Aymerich J, de Cid R, Dobaño C, Moncunill G, Kogevinas M. Antibody responses to common viruses according to COVID-19 severity and postacute sequelae of COVID-19. J Med Virol. 2024 Sep;96(9):e29862. DOI: 10.1002/jmv.29862.
Lymperidou A, Martinez-Gonzalez J, Bracons Cucó G, Frid S, de Cid R, Labarga A. DATOS-CAT: OMOP-Common Data Model for the Standardization, Integration and Analysis of Population-Based Biomedical Data in Catalonia. Stud Health Technol Inform. 2024 Aug 22;316:200-201. DOI: 10.3233/SHTI240378.
Boos J, van der Made CI, Ramakrishnan G, Coughlan E, Asselta R, Löscher BS, Valenti LVC, de Cid R, Bujanda L, Julià A, Pairo-Castineira E, Baillie JK, May S, Zametica B, Heggemann J, Albillos A, Banales JM, Barretina J, Blay N, Bonfanti P, Buti M, Fernandez J, Marsal S, Prati D, Ronzoni L, Sacchi N; Spanish/Italian Severe COVID-19 Sequencing group; GenOMICC Investigators; Schultze JL, Riess O, Franke A, Rawlik K, Ellinghaus D, Hoischen A, Schmidt A, Ludwig KU. Stratified analyses refine association between TLR7 rare variants and severe COVID-19. HGG Adv. 2024 Jun 28;5(4):100323. DOI: 10.1016/j.xhgg.2024.100323.
Farré X, Blay N, Espinosa A, Castaño-Vinyals G, Carreras A, Garcia-Aymerich J, Cardis E, Kogevinas M, Goldberg X, de Cid R. Decoding depression by exploring the exposome-genome edge amidst COVID-19 lockdown. Sci Rep. 2024 Jun 12;14(1):13562. DOI: 10.1038/s41598-024-64200-7.
Pardo-Cea MA, Farré X, Esteve A, Palade J, Espín R, Mateo F, Alsop E, Alorda M, Blay N, Baiges A, Shabbir A, Comellas F, Gómez A, Arnan M, Teulé A, Salinas M, Berrocal L, Brunet J, Rofes P, Lázaro C, Conesa M, Rojas JJ, Velten L, Fendler W, Smyczynska U, Chowdhury D, Zeng Y, He HH, Li R, Van Keuren-Jensen K, de Cid R, Pujana MA. Biological basis of extensive pleiotropy between blood traits and cancer risk. Genome Med. 2024 Feb 2;16(1):21. DOI: 10.1186/s13073-024-01294-8.
Díez-Villanueva A, Martín B, Moratalla-Navarro F, Morón-Duran FD, Galván-Femenía I, Obón-Santacana M, Carreras A, de Cid R, Peinado MA, Moreno V. Identification of intergenerational epigenetic inheritance by whole genome DNA methylation analysis in trios. Sci Rep. 2023 Dec 2;13(1):21266. DOI: 10.1038/s41598-023-48517-3.
Severe COVID-19 GWAS group. Mechanisms by which the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator may influence SARS-CoV-2 infection and COVID-19 disease severity. FASEB J. 2023 Nov;37(11):e23220. DOI: 10.1096/fj.202300077R.
COVID-19 Host Genetics Initiative. A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19. Nature. 2023 Sep;621(7977):E7-E26. DOI: 10.1038/s41586-023-06355-3.
Baretta D, Koch S, Cobo I, Castaño-Vinyals G, de Cid R, Carreras A, Buekers J, Garcia-Aymerich J, Inauen J, Chevance G. Resilience characterized and quantified from physical activity data: A tutorial in R. Psychol Sport Exerc. 2023 Mar;65:102361. DOI: 10.1016/j.psychsport.2022.102361.
Lin S, Gao X, Degenhardt F, Qian Y, Liu T, Ramon XF, Hadi SS, Romero-Gómez M, Fernández J, Albillos A, Ferret MB, Bujanda L, Julià A, de Cid R, Asselta R, Franke A, Liu F. Genome-wide epistasis study highlights genetic interactions influencing severity of COVID-19. Eur J Epidemiol. 2023 Aug;38(8):883-889. DOI: 10.1007/s10654-023-01020-5.
Kogevinas M, Karachaliou M, Espinosa A, Aguilar R, Castaño-Vinyals G, Garcia-Aymerich J, Carreras A, Cortés B, Pleguezuelos V, Papantoniou K, Rubio R, Jiménez A, Vidal M, Serra P, Parras D, Santamaría P, Izquierdo L, Cirach M, Nieuwenhuijsen M, Dadvand P, Straif K, Moncunill G, de Cid R, Dobaño C, Tonne C. Long-Term Exposure to Air Pollution and COVID-19 Vaccine Antibody Response in a General Population Cohort (COVICAT Study, Catalonia). Environ Health Perspect. 2023 Apr;131(4):47001. DOI: 10.1289/EHP11989.
Farré X, Blay N, Cortés B, Carreras A, Iraola-Guzmán S, de Cid R. Skin Phototype and Disease: A Comprehensive Genetic Approach to Pigmentary Traits Pleiotropy Using PRS in the GCAT Cohort. Genes (Basel). 2023 Jan 5;14(1):149. DOI: 10.3390/genes14010149.
García-Fernández C, Lizano E, Telford M, Olalde Í, de Cid R, Larmuseau MHD, M de Pancorbo M, Calafell F. Y-chromosome target enrichment reveals rapid expansion of haplogroup R1b-DF27 in Iberia during the Bronze Age transition. Sci Rep. 2022 Dec 1;12(1):20708. DOI: 10.1038/s41598-022-25200-7.
Delgado-Ortiz L, Carsin AE, Merino J, Cobo I, Koch S, Goldberg X, Chevance G, Bosch de Basea M, Castaño-Vinyals G, Espinosa A, Carreras A, Cortes Martínez B, Straif K, de Cid R, Kogevinas M, Garcia-Aymerich J. Changes in Population Health-Related Behaviors During a COVID-19 Surge: A Natural Experiment. Ann Behav Med. 2023 Apr 5;57(3):216-226. DOI: 10.1093/abm/kaac054.
Font-Porterias N, García-Fernández C, Aizpurua-Iraola J, Comas D, Torrents D, de Cid R, Calafell F. Sequence diversity of the uniparentally transmitted portions of the genome in the resident population of Catalonia. Forensic Sci Int Genet. 2022 Nov;61:102783. DOI: 10.1016/j.fsigen.2022.102783.
Karachaliou M, Moncunill G, Espinosa A, Castaño-Vinyals G, Rubio R, Vidal M, Jiménez A, Prados E, Carreras A, Cortés B, Blay N, Bañuls M, Pleguezuelos V, Melero NR, Serra P, Parras D, Izquierdo L, Santamaría P, Carolis C, Papantoniou K, Goldberg X, Aguilar R, Garcia-Aymerich J, de Cid R, Kogevinas M, Dobaño C. SARS-CoV-2 infection, vaccination, and antibody response trajectories in adults: a cohort study in Catalonia. BMC Med. 2022 Sep 16;20(1):347. DOI: 10.1186/s12916-022-02547-2.
COVID-19 Host Genetics Initiative. A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19. Nature. 2022 Aug;608(7921):E1-E10. DOI: 10.1038/s41586-022-04826-7.
Cárcel-Márquez J, Muiño E, Gallego-Fabrega C, Cullell N, Lledós M, Llucià-Carol L, Sobrino T, Campos F, Castillo J, Freijo M, Arenillas JF, Obach V, Álvarez-Sabín J, Molina CA, Ribó M, Jiménez-Conde J, Roquer J, Muñoz-Narbona L, Lopez-Cancio E, Millán M, Diaz-Navarro R, Vives-Bauza C, Serrano-Heras G, Segura T, Ibañez L, Heitsch L, Delgado P, Dhar R, Krupinski J, Delgado-Mederos R, Prats-Sánchez L, Camps-Renom P, Blay N, Sumoy L, de Cid R, Montaner J, Cruchaga C, Lee JM, Martí-Fàbregas J, Férnandez-Cadenas I. A Polygenic Risk Score Based on a Cardioembolic Stroke Multitrait Analysis Improves a Clinical Prediction Model for This Stroke Subtype. Front Cardiovasc Med. 2022 Jul 8;9:940696. DOI: 10.3389/fcvm.2022.940696.
COVICAT study group, Aachen Study (COVAS). Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations. Hum Mol Genet. 2022 Nov 28;31(23):3945-3966. DOI: 10.1093/hmg/ddac158.
Goldberg X, Castaño-Vinyals G, Espinosa A, Carreras A, Liutsko L, Sicuri E, Foraster M, O'Callaghan-Gordo C, Dadvand P, Moncunill G, Dobaño C, Cortés B, Pleguezuelos V, Straif K, Garcia-Aymerich J, de Cid R, Cardis E, Kogevinas M. Mental health and COVID-19 in a general population cohort in Spain (COVICAT study). Soc Psychiatry Psychiatr Epidemiol. 2022 Dec;57(12):2457-2468. DOI: 10.1007/s00127-022-02303-0.
GenOMICC investigators; 23andMe investigators; COVID-19 Human Genetics Initiative. Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19. Nature. 2022 Jul;607(7917):97-103. DOI: 10.1038/s41586-022-04576-6.
Farré X, Espín R, Baiges A, Blommaert E, Kim W, Giannikou K, Herranz C, Román A, Sáez B, Casanova Á, Ancochea J, Valenzuela C, Ussetti P, Laporta R, Rodríguez-Portal JA, van Moorsel CHM, van der Vis JJ, Quanjel MJR, Tena-Garitaonaindia M, Sánchez de Medina F, Mateo F, Molina-Molina M, Won S, Kwiatkowski DJ, de Cid R, Pujana MA. Evidence for shared genetic risk factors between lymphangioleiomyomatosis and pulmonary function. ERJ Open Res. 2022 Jan 24;8(1):00375-2021. DOI: 10.1183/23120541.00375-2021.
Rofes P, Pineda M, Feliubadaló L, Menéndez M, de Cid R, Gómez C, Montes E, Capellá G, Brunet J, Del Valle J, Lázaro C. RNA assay identifies a previous misclassification of BARD1 c.1977A>G variant. Sci Rep. 2021 Nov 25;11(1):22948. DOI: 10.1038/s41598-021-02465-y.
Kogevinas M, Castaño-Vinyals G, Karachaliou M, Espinosa A, de Cid R, Garcia-Aymerich J, Carreras A, Cortés B, Pleguezuelos V, Jiménez A, Vidal M, O'Callaghan-Gordo C, Cirach M, Santano R, Barrios D, Puyol L, Rubio R, Izquierdo L, Nieuwenhuijsen M, Dadvand P, Aguilar R, Moncunill G, Dobaño C, Tonne C. Ambient Air Pollution in Relation to SARS-CoV-2 Infection, Antibody Response, and COVID-19 Disease: A Cohort Study in Catalonia, Spain (COVICAT Study). Environ Health Perspect. 2021 Nov;129(11):117003. DOI: 10.1289/EHP9726.
Karachaliou M, Moncunill G, Espinosa A, Castaño-Vinyals G, Jiménez A, Vidal M, Santano R, Barrios D, Puyol L, Carreras A, Mayer L, Rubio R, Cortés B, Pleguezuelos V, O'Callaghan-Gordo C, Fossati S, Rivas I, Casabonne D, Vrijheid M, Izquierdo L, Aguilar R, Basagaña X, Garcia-Aymerich J, de Cid R, Dobaño C, Kogevinas M. Infection induced SARS-CoV-2 seroprevalence and heterogeneity of antibody responses in a general population cohort study in Catalonia Spain. Sci Rep. 2021 Nov 3;11(1):21571. DOI: 10.1038/s41598-021-00807-4.
Franco S, Horneros J, Soldevila L, Ouchi D, Galván-Femenía I, de Cid R, Tenesa M, Bechini J, Perez R, Llibre JM, Clotet B, Tural C, Martínez MA. Single nucleotide polymorphisms in PNPLA3, ADAR-1 and IFIH1 are associated with advanced liver fibrosis in patients co-infected with HIV-1//hepatitis C virus. AIDS. 2021 Dec 1;35(15):2497-2502. DOI: 10.1097/QAD.0000000000003066.
Catasús N, Garcia B, Galván-Femenía I, Plana A, Negro A, Rosas I, Ros A, Amilibia E, Becerra JL, Hostalot C, Rocaribas F, Bielsa I, Lazaro Garcia C, de Cid R, Serra E, Blanco I, Castellanos E; NF2 Spanish National Reference Centre HUGTP-ICO-IGTP. Revisiting the UK Genetic Severity Score for NF2: a proposal for the addition of a functional genetic component. J Med Genet. 2022 Jul;59(7):678-686. DOI: 10.1136/jmedgenet-2020-107548.
COVID-19 Host Genetics Initiative. Mapping the human genetic architecture of COVID-19. Nature. 2021 Dec;600(7889):472-477. DOI: 10.1038/s41586-021-03767-x.
Rofes P, Del Valle J, Torres-Esquius S, Feliubadaló L, Stradella A, Moreno-Cabrera JM, López-Doriga A, Munté E, De Cid R, Campos O, Cuesta R, Teulé Á, Grau È, Sanz J, Capellá G, Díez O, Brunet J, Balmaña J, Lázaro C. BARD1 Pathogenic Variants are Associated with Triple-Negative Breast Cancer in a Spanish Hereditary Breast and Ovarian Cancer Cohort. Genes (Basel). 2021 Jan 23;12(2):150. DOI: 10.3390/genes12020150.
Galván-Femenía I, Barceló-Vidal C, Sumoy L, Moreno V, de Cid R, Graffelman J. A likelihood ratio approach for identifying three-quarter siblings in genetic databases. Heredity (Edinb). 2021 Mar;126(3):537-547. DOI: 10.1038/s41437-020-00392-8.
Stradella A, Del Valle J, Rofes P, Vargas-Parra G, Salinas M, González S, Montes E, López-Doriga A, Gómez C, de Cid R, Darder E, Teulé A, Solanes A, Munté E, Capellà G, Pineda M, Feliubadaló L, Brunet J, Lázaro C. ERCC3, a new ovarian cancer susceptibility gene? Eur J Cancer. 2020 Dec;141:1-8. DOI: 10.1016/j.ejca.2020.09.023.
Vargas-Parra G, Del Valle J, Rofes P, Gausachs M, Stradella A, Moreno-Cabrera JM, Velasco A, Tornero E, Menéndez M, Muñoz X, Iglesias S, López-Doriga A, Azuara D, Campos O, Cuesta R, Darder E, de Cid R, González S, Teulé A, Navarro M, Brunet J, Capellá G, Pineda M, Feliubadaló L, Lázaro C. Comprehensive analysis and ACMG-based classification of CHEK2 variants in hereditary cancer patients. Hum Mutat. 2020 Dec;41(12):2128-2142. DOI: 10.1002/humu.24110.
Palomero L, Galván-Femenía I, de Cid R, Espín R, Barnes DR, Cimba, Blommaert E, Gil-Gil M, Falo C, Stradella A, Ouchi D, Roso-Llorach A, Violan C, Peña-Chilet M, Dopazo J, Extremera AI, García-Valero M, Herranz C, Mateo F, Mereu E, Beesley J, Chenevix-Trench G, Roux C, Mak T, Brunet J, Hakem R, Gorrini C, Antoniou AC, Lázaro C, Pujana MA. Immune Cell Associations with Cancer Risk. iScience. 2020 Jul 24;23(7):101296. DOI: 10.1016/j.isci.2020.101296.
Del Valle J, Rofes P, Moreno-Cabrera JM, López-Dóriga A, Belhadj S, Vargas-Parra G, Teulé À, Cuesta R, Muñoz X, Campos O, Salinas M, de Cid R, Brunet J, González S, Capellá G, Pineda M, Feliubadaló L, Lázaro C. Exploring the Role of Mutations in Fanconi Anemia Genes in Hereditary Cancer Patients. Cancers (Basel). 2020 Mar 30;12(4):829. DOI: 10.3390/cancers12040829.
Pujantell M, Badia R, Galván-Femenía I, Garcia-Vidal E, de Cid R, Alcalde C, Tarrats A, Piñol M, Garcia F, Chamorro AM, Revollo B, Videla S, Parés D, Corral J, Tural C, Sirera G, Esté JA, Ballana E, Riveira-Muñoz E. ADAR1 function affects HPV replication and is associated to recurrent human papillomavirus-induced dysplasia in HIV coinfected individuals. Sci Rep. 2019 Dec 27;9(1):19848. DOI: 10.1038/s41598-019-56422-x.
Blay N, Casas E, Galván-Femenía I, Graffelman J, de Cid R, Vavouri T. Assessment of kinship detection using RNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2019 Dec 2;47(21):e136. DOI: 10.1093/nar/gkz776.
Graffelman J, Galván Femenía I, de Cid R, Barceló Vidal C. A Log-Ratio Biplot Approach for Exploring Genetic Relatedness Based on Identity by State. Front Genet. 2019 Apr 24;10:341. DOI: 10.3389/fgene.2019.00341.
Valdés MG, Galván-Femenía I, Ripoll VR, Duran X, Yokota J, Gavaldà R, Rafael-Palou X, de Cid R. Pipeline design to identify key features and classify the chemotherapy response on lung cancer patients using large-scale genetic data. BMC Syst Biol. 2018 Nov 20;12(Suppl 5):97. DOI: 10.1186/s12918-018-0615-5.
Amell A, Roso-Llorach A, Palomero L, Cuadras D, Galván-Femenía I, Serra-Musach J, Comellas F, de Cid R, Pujana MA, Violán C. Disease networks identify specific conditions and pleiotropy influencing multimorbidity in the general population. Sci Rep. 2018 Oct 29;8(1):15970. DOI: 10.1038/s41598-018-34361-3.
Galván-Femenía I, Guindo M, Duran X, Calabuig-Fariñas S, Mercader JM, Ramirez JL, Rosell R, Torrents D, Carreras A, Kohno T, Jantus-Lewintre E, Camps C, Perucho M, Sumoy L, Yokota J, de Cid R. Genomic profiling in advanced stage non-small-cell lung cancer patients with platinum-based chemotherapy identifies germline variants with prognostic value in SMYD2. Cancer Treat Res Commun. 2018;15:21-31. DOI: 10.1016/j.ctarc.2018.02.003.
Galván-Femenía I, Obón-Santacana M, Piñeyro D, Guindo-Martinez M, Duran X, Carreras A, Pluvinet R, Velasco J, Ramos L, Aussó S, Mercader JM, Puig L, Perucho M, Torrents D, Moreno V, Sumoy L, de Cid R. Multitrait genome association analysis identifies new susceptibility genes for human anthropometric variation in the GCAT cohort. J Med Genet. 2018 Nov;55(11):765-778. DOI: 10.1136/jmedgenet-2018-105437.
Pujantell M, Franco S, Galván-Femenía I, Badia R, Castellví M, Garcia-Vidal E, Clotet B, de Cid R, Tural C, Martínez MA, Riveira-Muñoz E, Esté JA, Ballana E. ADAR1 affects HCV infection by modulating innate immune response. Antiviral Res. 2018 Aug;156:116-127. DOI: 10.1016/j.antiviral.2018.05.012.
Informació addicional
Xarxes col·laboratives
- COVICAT: COVICAT és una iniciativa col·laborativa, poblacional i liderada conjuntament amb ISGlobal, llançada a principis de 2020 per avaluar l'impacte de la pandèmia de la COVID-19 en la salut de la població a Catalunya. Fa ús de la infraestructura de la cohort GCAT i integra dades detallades sobre infecció, immunitat, salut mental i canvis socioeconòmics, amb seguiments realitzats els anys 2021 i 2023. El GCAT hi té un paper clau en aportar dades genòmiques i clíniques longitudinals, cosa que permet dur a terme estudis d'epidemiologia molecular de la COVID-19. Aquesta subcohort millora la capacitat per avaluar els efectes a llarg termini de la pandèmia, especialment en salut mental, qualitat de vida i amb una perspectiva orientada per sexe.
- EXPANSE: EXPANSE és un gran projecte finançat per la Unió Europea centrat en l'avenç de la recerca en exposoma mitjançant la integració de dades ambientals, d'estil de vida i òmiques per estudiar els impactes de la salut urbana a escala europea. El GCAT hi contribueix aportant dades d'exposició ambiental vinculades a perfils de salut individuals i participant a la xarxa Urban Labs Barcelona, en col·laboració amb cinc ciutats europees més. Això facilita la modelització d'alta resolució de com factors com la contaminació atmosfèrica, el disseny urbà, l'accés a espais verds i el soroll influeixen en els resultats de salut cardiometabòlica i respiratòria.
- ENDVOC: ENDVOC (Ending COVID-19 Variants of Concern) és una iniciativa global finançada per la Unió Europea dedicada a fer el seguiment, la caracterització i la resposta a les variants del SARS-CoV-2. El projecte integra la vigilància genòmica, l'epidemiologia i les dades clíniques de poblacions d'arreu del món. A través de la seva participació a ENDVOC, el GCAT aporta dades valuoses de base poblacional i capacitats de monitoratge de variants. Aquesta col·laboració millora la detecció de noves mutacions emergents del SARS-CoV-2 i enforteix l'avaluació de les conseqüències a llarg termini de les variants de la COVID-19 en diversos grups demogràfics, integrant coneixement derivat del projecte COVICAT.
- ELIXIR: ELIXIR és una infraestructura europea que connecta recursos nacionals de bioinformàtica per donar suport a l'emmagatzematge, la compartició i l'anàlisi de dades biomèdiques a gran escala. La plataforma se centra en la interoperabilitat de les dades, l'estandardització i la sostenibilitat a llarg termini. Com a part d'ELIXIR-Espanya, el GCAT contribueix harmonitzant les seves dades segons els principis FAIR (Trobables, Accessibles, Interoperables i Reutilitzables). El GCAT dona suport a la interoperabilitat mitjançant eines com MICA i DataSHIELD, que permeten l'accés segur i l'anàlisi federada, en línia amb l'objectiu d'ELIXIR de facilitar una compartició responsable de dades a escala internacional.
- CORDELIA: CORDELIA té com a objectiu avançar en el coneixement de les malalties cardiovasculars mitjançant l'estudi de l'impacte dels factors d'estil de vida, genètics, moleculars i ambientals. La seva finalitat és identificar estratègies eficaces per predir i prevenir riscos, amb l'objectiu final de reduir la càrrega social d'aquestes malalties a través de la prevenció i el tractament personalitzats. CORDELIA també posa un èmfasi especial en la formació de nous investigadors en aquest àmbit. El GCAT es va incorporar a CORDELIA l'any 2024, aportant la seva cohort de 20.000 participants amb dades riques i homogènies. Aquesta col·laboració reforça la recerca de CORDELIA, donant suport a estudis multiparamètrics d'alta qualitat. La xarxa també potencia la recerca europea, impulsant solucions innovadores en salut cardiovascular en col·laboració amb el sector farmacèutic, tecnològic i industrial.
Butlletins de notícies
Estigues al dia i participa en els temes que més t'interessen. El Butlletí GCAT t'ofereix informació sobre les últimes notícies, esdeveniments i novetats del projecte. El butlletí de 2025 està disponible aquí.
Eines
La quarta assemblea general d'ENDVOC a Londres mostra un gran progrés
Tesis doctorals
Title: Genetic determinants of disease trajectories and multimorbid clusters in the adulthood. A Population based cohort analysis
Author: Natalia Blay Magriña
Supervisor: Rafael de Cid
University: Universitat de Barcelona
Date of defence: end of 2025
Divulgació
Taller EATRIS sobre la participació del pacient – 28 d'octubre de 2024
GCAT va participar activament al taller organitzat per EATRIS i l'IGTP, formant part del panell sobre Community Engagement. Es va compartir l'experiència en cohorts poblacionals i estratègies de participació ciutadana en la recerca biomèdica.
Dia Mundial de la Diabetis - Entrevista especial
Amb motiu del Dia Mundial de la Diabetis, es va publicar una entrevista amb tres experts vinculats a GCAT especialitzats en diabetis tipus 2. S'hi va destacar el valor de la cohort per entendre millor els factors genòmics i poblacionals d'aquesta malaltia complexa.
6a celebració del Dia Internacional de les Dones i les Nenes en la Ciència
GCAT va participar en diverses iniciatives per donar visibilitat a les dones en la recerca, com el fòrum Women and Leadership in Science, col·laborant en l'organització de jornades i activitats a escala local i europea. Una acció que reforça el compromís amb la igualtat i la diversitat científica.
Mobile World Congress (MWC) 2025 - Forum Arena, 5 de març de 2025
GCAT va tenir presència institucional al MWC 2025, dins del marc de la salut digital i l'ús secundari de dades. Va intervenir en sessions centrades en la interoperabilitat de dades i el desenvolupament de cohorts digitals, posant en valor la seva aportació tecnològica i col·laborativa en l'àmbit biomèdic.
Notícies
Un nou estudi europeu amb participació de GCAT revela que la combinació de factors ambientals urbans augmenta el risc d'asma
Investigadors de GCAT han participat en un estudi sobre els efectes de diversos factors ambientals sobre el risc de desenvolupar asma al llarg de la vida. El treball s'ha dut a terme amb prop de 350.000 participants de cohorts europees i utilitzant tecnologies de geolocalització i imatges per satèl·lit per estimar l'exposició a diferents elements ambientals. Els resultats mostren una relació clara entre les condicions urbanes i un increment del risc d'asma.
Un nou estudi de GCAT millora la representativitat poblacional de la cohort per impulsar la recerca traslacional en salut pública
GCAT|Genomes for Life, un projecte estratègic de l’IGTP, ha publicat un estudi a la revista Scientific Reports que proposa un mètode per corregir els biaixos de selecció en cohorts poblacionals. El treball suposa un avenç significatiu en la fiabilitat de les dades obtingudes d'aquest tipus d'estudis per a la recerca en salut pública i la medicina de precisió.
Data search
Els investigadors poden accedir a una varietat de recursos del GCAT amb diferents nivells d'accés a les dades. Les estadístiques resum estan disponibles directament, mentre que les dades més sensibles a nivell individual, genòmiques o clíniques, requereixen un registre formal i l'aprovació corresponent.
Es proporcionen diverses eines per a l'anàlisi exploratòria, que permeten l'exploració i la visualització interactiva de dades:
- GCAT GitHub Repository: up-to-date code, pipelines, and scripts for genomic data analysis.
- MICA-GCAT: estandarditza i gestiona dades òmiques, clíniques i epidemiològiques.
- PheWEB-GCAT: visualitza interactivament els resultats de GWAS.
- PolyGenie-GCAT: calcula i visualitza puntuacions de risc poligènic en múltiples trets.
- EGA-GCAT Data Access: accés segur a conjunts de dades a nivell individual emmagatzemats a l'European Genome-Phenome Archive.
Aquests recursos permeten als investigadors explorar dades, generar hipòtesis i dur a terme anàlisis, tot assegurant el compliment ètic i l'ús responsable de les dades.
Contacte
Rafael de Cid
930330542 (6200)
Més enllaços
Web GCAT · Llista de projectes · Segueix @GCATbiobank a X/Twitter · Segueix @GCAT - Genomes for life a LinkedIn · Segueix Rafael de Cid a LinkedIn